第39屆臺日經貿會議於2014年11月19日及20日在臺北國賓飯店舉行，20日並簽署了臺日觀光事業發展加強合作之備忘錄、臺日核能管制資訊交流備忘錄、臺日專利程序上微生物寄存相互合作瞭解備忘錄及臺日有關入出境管理事務及情資交換暨合作暸解備忘錄四項備忘錄。

近20年來日本在臺申請專利生物材料寄存件數共計600件，僅次於我國申請人。臺日雙方自2012年起針對相互承認專利生物材料寄存事宜進行評估，雙方檢視法規面及實務操作面有無符合布達佩斯條約規範、我國食品所有無達到國際寄存機構標準後，達成簽署共識。

由於我國目前非布達佩斯條約會員國，透過臺日寄存相互承認，申請人可於臺日間擇一寄存，提供申請人對寄存機構的多重選擇，也減少重複寄存的負擔，亦因日本認同我國寄存機構符合國際標準，將有助於我國今後擴展與他國合作，將可使生技、醫藥、食品相關產業受惠。繼臺日展開專利審查高速公路 (PPH) 合作、優先權證明文件電子交換合作備忘錄後，再次簽署專利程序上微生物寄存相互合作瞭解備忘錄，臺日間智慧財產合作更加密切。