按當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷、廢止之原因者，法院應就其主張或抗辯有無理由自為判斷，不適用民事訴訟法、行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律有關停止訴訟程序之規定，此於智慧財產案件審理法第16條第1項定有明文。在專利權的行使與攻防中，經常會出現專利權人提起侵權民事訴訟後，被控侵權人為了反擊而對系爭專利提出舉發，且同時在侵權民事訴訟中爭執系爭專利是否具備有效性，此時智慧財產法院依智慧財產案件審理法第16條第1項之規定，應就系爭專利是否具有應撤銷之原因自為判斷。因此，依照現行制度下之權責歸屬分配，舉發程序屬於行政審查之程序，和專利民事訴訟中法院判斷系爭專利有無應撤銷事由之司法程序有別，原則上應各自獨立進行，惟兩者判斷結果間係存在有實質上之關聯性。

換言之，屬於行政程序之舉發制度雖然是向智慧財產局提出，但若對智慧財產局所做成之處分（舉發審定）有所不服時，在經過訴願程序後，最終的行政爭訟救濟程序仍會進入司法體系，亦即交智慧財產法院審理，形成不論侵權民事訴訟或舉發行政訴訟，關於系爭專利是否具備有效性之判斷均委由之智慧財產法院認定之局面，實質上自然可謂息息相關。假設在專利民事訴訟中法院判斷系爭專利並無應撤銷之原因存在，從而在系爭專利具有可專利性之前提下，最後作成專利侵權應負損害賠償責任之結論並經判決確定後，但於智慧局進行之舉發程序，卻作成舉發成立專利權應予撤銷之審定時，兩者結論間顯然產生矛盾，此時勢必衍生出爭議。以下擬簡單介紹關於專利民事訴訟確定判決與舉發成立撤銷確定間之實務見解。

現行專利民事訴訟中，如前所述，被控侵權人除了爭執被控侵權物未落入系爭專利之申請專利範圍外，大多會同時依智慧財產案件審理法第16條之規定，主張或抗辯系爭專利有應撤銷之原因，亦即對系爭專利是否具有可專利性加以爭執。某些情況下，被控侵權人除了於民事訴訟中提出專利無效抗辯作為防禦之手段外，甚至有可能會同時向智慧財產局就系爭專利提出舉發，希冀透過舉發程序將專利權撤銷，對權利人予以直接根本之反擊。依照權責歸屬之分配，舉發程序屬於行政審查之程序，和專利民事訴訟之司法程序有別，原則上應各自獨立進行，惟如前所述，兩者判斷結果間係存在有實質上之關聯性。詳言之，法院審理專利民事訴訟時，雖得就系爭專利是否具有應撤銷之原因自為判斷，然而縱使法院認系爭專利有撤銷之原因時，其效果僅為專利權人於該民事訴訟中不得對他造主張權利。反觀舉發程序之行政處分，若智慧財產局作成舉發成立之審定時，則會將系爭專利予以撤銷，而專利權經撤銷確定後，專利權之效力視為自始不存在（按專利法第82條之規定，發明專利權經撤銷後，若未依法提起行政救濟或提起行政救濟經駁回確定時，即為撤銷確定。新型專利權依專利法第120條準用第82條，設計專利權依專利法第142條準用第82條）。

理論上，由於法院獨立行使職權進行審理，專利民事訴訟與專利行政訴訟之結果容有出現矛盾之可能性。例如，在專利民事訴訟中法院判斷系爭專利並無應撤銷之原因存在，從而在系爭專利具有可專利性之前提下，最後作成被控侵權人構成專利侵權應負損害賠償責任之結論並經判決確定後，於智慧財產局進行之舉發程序，卻作成舉發成立專利權應予撤銷之審定，並經行政爭訟程序後確定，兩者結論顯然產生矛盾，此時被控侵權人應如何救濟則為重點所在。對於因雙軌制在專利有效性產生判斷歧異之情形，按最高法院101年度台抗字第683號裁定之見解，若智慧財產局所作成舉發成立之審定業經智慧財產法院與最高行政法院審理後專利權撤銷確定，得以存在有為判決基礎之行政處分已變更之情事，依民事訴訟法第496條第1項第11款之規定提起再審之訴。由此可知，當專利民事訴訟之判決與專利舉發之審定結果產生矛盾時，能否提起再審之關鍵在於是否符合民事訴訟法第496條第1項第11款「為判決基礎之民事、刑事、行政訴訟判決及其他裁判或行政處分，依其後之確定裁判或行政處分已變更者」之事由，倘有發生民事訴訟法第496條第1項第11款之情形時，方得以再審之訴對於確定終局判決聲明不服。

依照前揭最高法院之見解，系爭專利若經智慧財產局作成舉發成立之審定遭撤銷後，被控侵權人可針對以確定之判決提起民事再審之訴尋求救濟。惟需注意前揭案例中，係經智慧財產法院與最高行政法院審理，命智慧財產局應為舉發成立撤銷系爭專利之審定，因此可認為判決基礎之行政處分已變更，若程序上僅係智慧財產局初次作成舉發成立之審定，而該審定仍處於行政爭訟中，則是否可與前揭案例相提並論，同樣認為判決基礎之行政處分已變更，本文以為似乎容有討論之空間。就智慧財產法院101年度民專上再字第1號判決以觀，即採否定之見解。該案中智慧財產局雖作成舉發成立之審定，撤銷系爭專利之核准審定，惟因專利權人已提出訴願，從而該舉發成立之審定仍未確定。故智慧財產局准予系爭專利之行政處分，在舉發撤銷確定前其效力仍繼續存在，系爭專利即為有效之專利，是以並無為判決基礎之行政處分已變更，使原確定判決基礎發生動搖之情形，自與民事訴訟法第496條第1項第11款之再審理由不符，顯無再審理由。此一智慧財產法院之見解，在被控侵權人評估是否提起再審之訴時，可作為重要之參考依據。

惟依智慧財產法院102年度民專上再字第4號判決之見解，該判決認為現行制度下，賦予民事法院自為判斷專利權、商標權等智慧財產權有效性之權限，無庸再等待行政爭訟之結果，當事人亦可選擇在民事程序提出有效性抗辯，不再另行提起行政爭訟，使紛爭一次解決。換言之，即採取雙軌制之運作模式，民事法院亦享有專利權、商標權等智慧財產權有效性之判斷權限，然採取雙軌制之結果，無可避免將有可能產生判斷歧異之結果，如同民事法院與刑事法院對相同之侵權事件亦可能有不同認定。對於此種雙軌制判斷歧異情形尤其是專利有效性之判斷，應否允許當事人提起再審之訴救濟，向是世界各國充滿高度爭議之議題，不過多數國家均限制再審之提起，以維持法律的安定性，避免對於同一專利紛爭反覆處理。尤其進一步考量到我國民事訴訟法採取集中審理，賦予當事人程序保障，兼顧當事人實體利益及程序利益，為促進訴訟，採取適時提出主義，並設有失權制度，諸如民事訴訟法第196 條、第276 條、第447 條規定，以免當事人為延滯訴訟而逾時提出攻擊防禦方法，且現行民事訴訟法為建立金字塔型之訴訟制度，以期達成司法追求效率，並促使當事人重視第一審程序之目的，特規定除個案有特別情事致嚴重影響公平正義外，當事人在第二審程序不得提出新攻擊或防禦方法，觀諸民事訴訟法第447 條第1 項之規定即明。則在法院業已踐行程序保障，賦予當事人於適當時期提出攻擊防禦方法之機會後，當事人因違反此規定而遭法院不准其提出新攻擊防禦方法即專利無效之抗辯時，必然對當事人之實體上權利義務關係產生某程度之影響，惟此項效果毋寧係失權效之具體遲延排除機能，即在此情形，促進訴訟之要求優先於發現真實之要求，如倒果為因，以當事人之實體權利將受到限制、剝奪或認其顯失公平，即准當事人提出新攻擊防禦方法即專利無效之抗辯，甚或准以嗣後確定之專利舉發行政爭訟，對民事確定判決另行提起再審之訴，上開規範目的及功能將無法達成並形同具文，且促使民事訴訟敗訴之當事人有反覆提起專利舉發之誘因，使紛爭無法一次迅速的解決，危害法律及企業經營之安定性，更與現行智慧財產訴訟採取雙軌制之目的背道而馳。

承上，在參酌日本相關規定與實務見解後，前揭智慧財產法院102年度民專上再字第4號判決認為倘若民事法院業已依智慧財產案件審理法第16條第1項規定自行調查證據認定事實而為專利有效之判斷，且踐行程序保障，實難認民事確定判決之判決基礎、所進行之訴訟程序有何重大瑕疵，並足以動搖該確定判決之既判力，自不得僅因嗣後行政爭訟結果與民事法院判斷歧異，即認有民事訴訟法第496條第1項第11款之再審事由存在。如民事法院就專利是否有效所為之判斷，仍有可能因其後行政爭訟之結果決定有無再審之事由，無異鼓勵當事人另行提起行政爭訟，且使法院等待行政爭訟之結果確定後始為判斷，亦與智慧財產案件審理法第16條第1 項規定意旨顯相違背。換言之，民事訴訟法第496 條第1項第11款之再審事由，必須變更前之裁判或行政處分，經前訴訟程序採為判決基礎者，始有適用，如確定判決僅係採用該變更前之裁判或行政處分之資料，由法院自行調查證據認定事實而為判斷者，自無本款規定之適用。是以智慧財產案件審理法第16條既規定民事法院應自為判斷專利之有效性，如有撤銷、廢止之原因時，智慧財產權人於該民事訴訟不得對於他造主張權利，足徵民事法院並非以智慧局准予專利之行政處分作為判決基礎，否則民事法院無庸自行判斷專利之有效性。

然而，最高法院對於前揭智慧財產法院102年度民專上再字第4號判決，似乎並不完全認同，最高法院104年度台上字第407號判決指出，所謂「為判決基礎之行政處分，依其後之行政處分已變更」之再審事由，係指確定判決以行政處分為判決基礎，而該行政處分已因其後之行政處分有所變更，其結果使原確定判決之基礎發生動搖而言。查專利權係依據智慧局授予專利之行政處分生效而取得，專利權人因該行政處分而得以他人侵害其專利權為由，提起侵權訴訟。又專利權經舉發審查成立者，應撤銷其專利；專利權經撤銷確定者，專利權之效力，視為自始不存在。是專利權人前本於專利權提起侵權訴訟受勝訴判決確定者，倘嗣後專利權被撤銷確定，則其專利權之效力視為自始不存在，應認為判決基礎之行政處分已變更。專利權人既係本於智慧局授予之專利權，提起侵權訴訟，原確定判決亦以被控侵權人侵害專利權為由，判命被控侵權人負賠償責任，則能否謂原確定判決非以智慧局准予系爭專利之行政處分作為判決基礎，不因嗣後系爭專利被舉發成立予以撤銷之行政爭訟確定結果，使原確定判決基礎發生動搖，即非無推求之餘地。

從而，雖然智慧財產法院102年度民專上再字第4號判決認為依智慧財產案件審理法第16條之規定，對於專利有效性之判斷，民事法院並非以智慧局准予專利之行政處分作為判決基礎，惟最高法院認為權利行使之根本是來自於智慧局授予之專利權，倘專利權遭撤銷確定，自符合「為判決基礎之民事、刑事、行政訴訟判決及其他裁判或行政處分，依其後之確定裁判或行政處分已變更者」之事由，得依民事訴訟法第496條第1項第11款提起再審之訴。本文以為，前揭智慧財產法院之判決基於權利安定性與紛爭解決一回性之考量，固非無據，然而現行制度下專利權人行使、主張權利之根本確實如同最高法院所述，係以智慧局准予專利之行政處分作為基礎，法院若判決被控侵權人應負賠償責任，亦同樣以智慧局准予專利之行政處分作為基礎，是以在專利權嗣後遭撤銷確定之情形下，仍應准予提起再審之訴較為妥適。