淺談研發費用投資抵減稅額之救濟案例
2026.03.19
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一、 前言
產業創新條例第10條第1項規定：「為促進產業創新，最近三年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更，並以不超過其當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限：一、於支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。二、於支出金額百分之十限度內，自當年度起三年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。」而「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」（下稱投資抵減辦法），則係依產業創新條例第10條第2項規定訂定之。因行政院組織改造，投資抵減辦法原列屬經濟部工業局（下稱工業局）之權責事項，112年9月26日起改由經濟部產業發展署管轄。適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新（投資抵減辦法第2條第2項）。
二、 申請適用研究發展支出投資抵減之流程
1、公司或依有限合夥法組織登記之有限合夥事業；最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大（投資抵減辦法第3條）。
2、先向經濟部產業發展署申請認定其當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定？
3、應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附相關文件，送請公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。
由經濟部產業發展署先審查申請適用研究發展支出投資抵減之主體，是否為公司或依有限合夥法組織登記之有限合夥事業？最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大？研究發展是否具有高度之創新？復由稅捐機關來審定於免稅額之計算，因而投資抵減之流程上，會涉及不同機關來作決定。
三、多階段處分
所謂多階段處分乃指行政處分之作成，須由二個以上機關，各自本於其職權共同參與，然究應以何機關為行政處分之作成機關？多階段行政處分，原則上為最後階段之行政行為，即直接對外發生法律效果部分為處分機關（參最高行政法院91年度判字第2319號判決）而在例外情形，行政機關作成之處分須其他機關參與並提供協力者，為多階段行政處分，先前階段之行為如具備：一、為作成處分之機關（即最後階段行為之機關）依法應予尊重，換言之，當事人權益受損害實質上係因先前階段行為所致；二、為先前階段之行為具備行政處分之其他要素；三、為以直接送達或以他法使當事人知悉者，則應許當事人直接對先前階段之行為，提起救濟（參最高行政法院98年度判字第646號判決）。
四、實際案例
（一）、A公司辦理某年度營利事業所得稅結算申報，向工業局依投資抵減辦法提報4項研發計畫，該局經召集專家學者召開研發活動創新審查會議後，檢送研究發展活動認定意見書予稅捐機關，僅函知A公司已將審查意見送交稅捐機關，並未檢附審查意見予A公司。稅捐機關參酌審查意見後，認定「4項研發計畫不具高度之創新，核定A公司研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元。A公司不服，申請復查，稅捐機關再請工業局審定，仍未符合投資抵減辦法，稅捐機關駁回A公司之復查申請。A公司不服，提起訴願，財政部乃駁回其訴願。A公司仍不服，以財政部北區國稅局為被告提起行政訴訟，聲明撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）。
（二）、臺北高等行政法院先裁定命工業局應輔助參加被告之訴訟，其後審理後在判決中雖認定，輔助參加人認為申請不符合高度創新為行政處分，但判決中似未明確交待理由，判決中有謂：「輔助參加人並未告知「『原告申請不符合高度創新』」之審查意見書內容。可知原告108年5月21日向輔助參加人所申請之事項依「『公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法』」第14條申請審查公司（有限合夥事業）研發活動符合第2條至第4條規定，輔助參加人尚未『對原告』作出否准之決定，而只是將審查結果通知被告財政部北區國稅局當作稅捐參考，原告尚無從對108年5月21日申請（尚未作成）之結果，向經濟部提出訴願」等語。則上揭判決似又認為輔助參加人僅為單純之事實敘述，並未對人民之請求有所准駁（即「尚未作出否准之決定」），應屬一般學理所稱之「觀念通知」，似非行政處分？而臺北高等行政法院在判決末段又敘明：輔助參加人○年○月○日○號函未告知「原告108年5月21日申請不符合高度創新」之審查意見書內容，亦未載明救濟期間，原告可得依行政訴訟法第5條第1項規定（人民因中央或地方機關對其依法申請之案件，於法令所定期間內應作為而不作為，認為其權利或法律上利益受損害者，經依訴願程序後，得向行政法院提起請求該機關應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟），提起行政救濟。
（三）、A公司不服臺北高等行政法院上訴最高行政法院，最高行政法院認為臺北高等行政法院之判決，理由雖有未洽，惟結論並無不合，仍維持原審判決，駁回A公司之上訴。最高行政法院在判決中敘明輔助參加人「不符合高度創新」之審查意見為行政處分，其理由略為：
1、輔助參加人以○○號函通知被上訴人及副知上訴人，雖該函並未檢送審查意見，然輔助參加人之審查意見（即認定上訴人之投資活動不符合高度創新）已由被上訴人於原處分併同給上訴人知悉，足認輔助參加人已就該申請案是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定而為審查，其認定對外即直接發生法律效果，性質上應屬行政處分。…本件上訴人既係針對原處分為訴訟客體提起本件訴訟，而非以有效之輔助參加人系爭認定處分為訴訟客體，則關於輔助參加人系爭認定處分之實質合法性，即非本件審理之範圍。
2、上訴人於對原處分提起復查時已於復查聲請書表示對系爭認定處分不服之意，依訴願法第61條第1項規定，視為自始已就系爭認定不具高度之創新處分，向訴願管轄機關經濟部提起訴願，應由被上訴人將該事件移送於輔助參加人依訴願法第58條規定程序辦理。
五、結論
申請研發費用稅捐投資抵減之案件，若被認定「研發計畫不具高度之創新」，研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元時，該如何救濟？由於申請流程係先向經濟部產業發展署申請認定其當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定？而投資抵減辦法第14條第2項規定：「中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將前項審查意見函送公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關供辦理核定投資抵減稅額。但不符第三條規定者，僅函送資格條件審查意見。」經濟部產業發展署不會將審查意見，檢送申請人，一般回復給申請人之函件內容略為：「一、復貴公司申請書。二、貴公司依據『公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法』第14條提出旨揭申請事項，本局業已送交審查意見書予財政部北區國稅局作為核定研發投資抵減稅額之參考，貴公司是否得適用投資抵減以及抵減數額等事項，應依財政部北區國稅局之核定結果為準」，臺北高等行政法院105年度訴字第1924號判決及最高行政法院107年度判字第699號判決，在類似案件均逕認為中央目的事業主管機關之審定結果，而作成核定研究發展活動（及支出）是否符合研究發展之創新活動，可抵減稅額等，確實對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係發生變動，應可視為獨立之行政處分，可對該處分提起行政救濟云云，但上揭判決有疑義者乃上開函件，似未使申請人明確知悉否准之決定？是否對外發生法律上之規制作用，而使人民公法上權利義務關係發生變動？為何可視為獨立之行政處分？最高行政法院112年度上字第489號判決就此疑義，則提出另一解方：「雖該函並未檢送審查意見，然輔助參加人之審查意見（即認定上訴人之投資活動不符合高度創新）已由被上訴人於原處分併同給上訴人知悉，足認輔助參加人已就該申請案是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定而為審查，其認定對外即直接發生法律效果，性質上應屬行政處分」之判決理由。
參考判決：
最高行政法院91年度判字第2319號判決
最高行政法院98年度判字第646號判決
臺北高等行政法院111年度訴字第115號判決
最高行政法院112年度上字第489號判決
臺北高等行政法院105年度訴字第1924號判決
最高行政法院107年度判字第699號判決
產業創新條例第10條第1項規定：「為促進產業創新，最近三年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更，並以不超過其當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限：一、於支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。二、於支出金額百分之十限度內，自當年度起三年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。」而「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」（下稱投資抵減辦法），則係依產業創新條例第10條第2項規定訂定之。因行政院組織改造，投資抵減辦法原列屬經濟部工業局（下稱工業局）之權責事項，112年9月26日起改由經濟部產業發展署管轄。適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新（投資抵減辦法第2條第2項）。
二、 申請適用研究發展支出投資抵減之流程
1、公司或依有限合夥法組織登記之有限合夥事業；最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大（投資抵減辦法第3條）。
2、先向經濟部產業發展署申請認定其當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定？
3、應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附相關文件，送請公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。
由經濟部產業發展署先審查申請適用研究發展支出投資抵減之主體，是否為公司或依有限合夥法組織登記之有限合夥事業？最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大？研究發展是否具有高度之創新？復由稅捐機關來審定於免稅額之計算，因而投資抵減之流程上，會涉及不同機關來作決定。
三、多階段處分
所謂多階段處分乃指行政處分之作成，須由二個以上機關，各自本於其職權共同參與，然究應以何機關為行政處分之作成機關？多階段行政處分，原則上為最後階段之行政行為，即直接對外發生法律效果部分為處分機關（參最高行政法院91年度判字第2319號判決）而在例外情形，行政機關作成之處分須其他機關參與並提供協力者，為多階段行政處分，先前階段之行為如具備：一、為作成處分之機關（即最後階段行為之機關）依法應予尊重，換言之，當事人權益受損害實質上係因先前階段行為所致；二、為先前階段之行為具備行政處分之其他要素；三、為以直接送達或以他法使當事人知悉者，則應許當事人直接對先前階段之行為，提起救濟（參最高行政法院98年度判字第646號判決）。
四、實際案例
（一）、A公司辦理某年度營利事業所得稅結算申報，向工業局依投資抵減辦法提報4項研發計畫，該局經召集專家學者召開研發活動創新審查會議後，檢送研究發展活動認定意見書予稅捐機關，僅函知A公司已將審查意見送交稅捐機關，並未檢附審查意見予A公司。稅捐機關參酌審查意見後，認定「4項研發計畫不具高度之創新，核定A公司研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元。A公司不服，申請復查，稅捐機關再請工業局審定，仍未符合投資抵減辦法，稅捐機關駁回A公司之復查申請。A公司不服，提起訴願，財政部乃駁回其訴願。A公司仍不服，以財政部北區國稅局為被告提起行政訴訟，聲明撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）。
（二）、臺北高等行政法院先裁定命工業局應輔助參加被告之訴訟，其後審理後在判決中雖認定，輔助參加人認為申請不符合高度創新為行政處分，但判決中似未明確交待理由，判決中有謂：「輔助參加人並未告知「『原告申請不符合高度創新』」之審查意見書內容。可知原告108年5月21日向輔助參加人所申請之事項依「『公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法』」第14條申請審查公司（有限合夥事業）研發活動符合第2條至第4條規定，輔助參加人尚未『對原告』作出否准之決定，而只是將審查結果通知被告財政部北區國稅局當作稅捐參考，原告尚無從對108年5月21日申請（尚未作成）之結果，向經濟部提出訴願」等語。則上揭判決似又認為輔助參加人僅為單純之事實敘述，並未對人民之請求有所准駁（即「尚未作出否准之決定」），應屬一般學理所稱之「觀念通知」，似非行政處分？而臺北高等行政法院在判決末段又敘明：輔助參加人○年○月○日○號函未告知「原告108年5月21日申請不符合高度創新」之審查意見書內容，亦未載明救濟期間，原告可得依行政訴訟法第5條第1項規定（人民因中央或地方機關對其依法申請之案件，於法令所定期間內應作為而不作為，認為其權利或法律上利益受損害者，經依訴願程序後，得向行政法院提起請求該機關應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟），提起行政救濟。
（三）、A公司不服臺北高等行政法院上訴最高行政法院，最高行政法院認為臺北高等行政法院之判決，理由雖有未洽，惟結論並無不合，仍維持原審判決，駁回A公司之上訴。最高行政法院在判決中敘明輔助參加人「不符合高度創新」之審查意見為行政處分，其理由略為：
1、輔助參加人以○○號函通知被上訴人及副知上訴人，雖該函並未檢送審查意見，然輔助參加人之審查意見（即認定上訴人之投資活動不符合高度創新）已由被上訴人於原處分併同給上訴人知悉，足認輔助參加人已就該申請案是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定而為審查，其認定對外即直接發生法律效果，性質上應屬行政處分。…本件上訴人既係針對原處分為訴訟客體提起本件訴訟，而非以有效之輔助參加人系爭認定處分為訴訟客體，則關於輔助參加人系爭認定處分之實質合法性，即非本件審理之範圍。
2、上訴人於對原處分提起復查時已於復查聲請書表示對系爭認定處分不服之意，依訴願法第61條第1項規定，視為自始已就系爭認定不具高度之創新處分，向訴願管轄機關經濟部提起訴願，應由被上訴人將該事件移送於輔助參加人依訴願法第58條規定程序辦理。
五、結論
申請研發費用稅捐投資抵減之案件，若被認定「研發計畫不具高度之創新」，研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元時，該如何救濟？由於申請流程係先向經濟部產業發展署申請認定其當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定？而投資抵減辦法第14條第2項規定：「中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將前項審查意見函送公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關供辦理核定投資抵減稅額。但不符第三條規定者，僅函送資格條件審查意見。」經濟部產業發展署不會將審查意見，檢送申請人，一般回復給申請人之函件內容略為：「一、復貴公司申請書。二、貴公司依據『公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法』第14條提出旨揭申請事項，本局業已送交審查意見書予財政部北區國稅局作為核定研發投資抵減稅額之參考，貴公司是否得適用投資抵減以及抵減數額等事項，應依財政部北區國稅局之核定結果為準」，臺北高等行政法院105年度訴字第1924號判決及最高行政法院107年度判字第699號判決，在類似案件均逕認為中央目的事業主管機關之審定結果，而作成核定研究發展活動（及支出）是否符合研究發展之創新活動，可抵減稅額等，確實對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係發生變動，應可視為獨立之行政處分，可對該處分提起行政救濟云云，但上揭判決有疑義者乃上開函件，似未使申請人明確知悉否准之決定？是否對外發生法律上之規制作用，而使人民公法上權利義務關係發生變動？為何可視為獨立之行政處分？最高行政法院112年度上字第489號判決就此疑義，則提出另一解方：「雖該函並未檢送審查意見，然輔助參加人之審查意見（即認定上訴人之投資活動不符合高度創新）已由被上訴人於原處分併同給上訴人知悉，足認輔助參加人已就該申請案是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定而為審查，其認定對外即直接發生法律效果，性質上應屬行政處分」之判決理由。
參考判決：
最高行政法院91年度判字第2319號判決
最高行政法院98年度判字第646號判決
臺北高等行政法院111年度訴字第115號判決
最高行政法院112年度上字第489號判決
臺北高等行政法院105年度訴字第1924號判決
最高行政法院107年度判字第699號判決
