民國90年間，社會各界對於智慧財產事件，包括專利、商標、著作權、營業秘密、公平交易等事件，應成立專業法院，以求審判之專業性，呼聲極高。司法院及立法院因應此趨勢，為使專業案件能與世界接軌，並配置專業人員協助專業審判工作之進行，於96年3月，通過智慧財產法院組織法，於智慧財產法院組織法正式施行之日期，亦同時成立智慧財產法院，司理智慧財產案件之審判工作。
一、智慧財產法院時期
自民國97年7月1日開始，即由智慧財產法院開始職司專利、商標、著作權、營業秘密、公平交易等訴訟案件之審理，並配置技術審查官，協助法官技術專業，共同辦理智慧財產案件之審判。
智慧財產法院於106年對於其案件審理績效及訴訟制度之實施成效，作成立10年之統計，總計其所收案件為12,581件，其中民事第一審案件4,581件、民事第二審案件2,026件、刑事案件2,813件、行政訴訟案件3,161件，指定技術審查官協助訴訟3,098件。依據其106年司法統計專題分析，以涉及專利權之案件為多，約占案件量之50％；行政訴訟約有21％為判決撤銷原處分；保全證據之聲請准許率約為28％；核發秘密保持命令准許率約為86％；定暫時狀態處分准許率約為44％。案件上訴後維持原審判決之維持率約87％至90％，各類型案件差別不大；民事訴訟結案日期數約為200日；專利案件被告作專利有效性抗辯者約74％，經法院認定專利無效者約55％；行政訴訟案件中當事人有提出新證據約占11％。自104年啟用行政訴訟線上起訴系統，行政訴訟線上起訴之案件逐年攀昇。
智慧財產及商業法院於110年底持續作出統計，計107年新收1,294件，108年新收1,417件，109年新收1,329件，110年第1季至第3季則新收925件，其中有916件為智慧財產案件，9件為商業事件。
智慧財產法院與一般民事、刑事、行政法院較為不同者，乃其有技術審查官之設置，如前所述，十年間有三千餘案件經指定由技術審查官協助案件之審判。另秘密保持命令亦為智慧財產法院較為特殊之命令制度，十年間之准許率亦有86％之高，顯示法院對於秘密保持命令之聲請，採取支持之行動。於行政訴訟案件中當事人得提出新證據，是智慧財產案件審理法之新規定，十年間亦確實有約11％案件之當事人於訴訟中提出與行政機關程序中所提出不同之新證據。而因應科技日新月異，採取線上起訴之制度，亦使訴訟程序之進行更為簡便，當事人之訴狀交換等流程，亦更增迅速有效。
二、智慧財產及商業法院時期
民國110年，為合併智慧財產法院與商業法院，司法院及立法院修正智慧財產及商業法院組織法，同年7月1日，智慧財產及商業法院正式以智慧財產及商業法院組織法，同年7月1日，智慧財產及商業法院正式以智慧財產及商業法院之名稱持續運作，並開始施行商業事件審理法。改制後之智慧財產及商業法院，有諸多全新的制度，用以處理標的龐大且具世界性、專業性之商業事件及智慧財產事件。其特色有如下數端：
（一）、所轄事件具專業性
依智慧財產及商業法院組織法規定，智慧財產及商業法院之管轄案件有1、依專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、營業秘密法、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法所保護之智慧財產權益所生之第一審及第二審民事訴訟事件，及依商業事件審理法規定由商業法院管轄之商業事件。2、因刑法第253條至第255條、第317條、第318條之罪或違反商標法、著作權法、營業秘密法及智慧財產案件審理法第35條第1項、第36條第1項案件，不服地方法院依通常、簡式審判或協商程序所為之第一審裁判而上訴或抗告之刑事案件。但少年刑事案件，不在此限。3、因專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法涉及智慧財產權所生之第一審行政訴訟事件及強制執行事件。4、其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產及商業法院管轄之案件。
另依商業事件審理法規定應由商業法院管轄之商業訴訟事件，為1、公司負責人因執行業務，與公司所生民事上權利義務之爭議，其訴訟標的之金額或價額在新臺幣一億元以上者。2、因下列事件所生民事上權利義務之爭議，且訴訟標的之金額或價額在新臺幣一億元以上者：(1)、證券交易法之有價證券詐欺、財務報告或財務業務文件不實、未交付公開說明書、公開說明書不實、違法公開收購、操縱市場、短線交易、內線交易、不合營業常規交易、違法貸款或提供擔保。(2)、期貨交易法之操縱市場、內線交易、期貨交易詐欺、公開說明書不實、未交付公開說明書。(3)、證券投資信託及顧問法之虛偽、詐欺、其他足致他人誤信之行為、公開說明書不實、未交付公開說明書。(4)、不動產證券化條例之公開說明書或投資說明書不實、未依規定提供公開說明書或投資說明書。(5)、金融資產證券化條例之公開說明書或投資說明書不實、未依規定提供公開說明書或投資說明書。3、公開發行股票之公司股東基於股東身分行使股東權利，對公司、公司負責人所生民事上權利義務之爭議事件，及證券投資人及期貨交易人保護機構依證券投資人及期貨交易人保護法規定，訴請法院裁判解任公司之董事或監察人事件。4、公開發行股票之公司股東會或董事會決議效力之爭議事件。5、與公開發行股票公司具有控制或從屬關係，且公司資本額在新臺幣五億元以上之非公開發行股票公司股東會或董事會決議效力之爭議事件。6、因公司法、證券交易法、期貨交易法、銀行法、企業併購法、金融機構合併法、金融控股公司法、不動產證券化條例、金融資產證券化條例、信託法、票券金融管理法、證券投資信託及顧問法所生民事法律關係之爭議，其訴訟標的之金額或價額在新臺幣一億元以上者，經雙方當事人以書面合意由商業法院管轄之民事事件。7、其他依法律規定或經司法院指定由商業法院管轄之商業訴訟事件。
依商業事件審理法規定應由商業法院管轄之商業非訟事件，為1、公開發行股票之公司裁定收買股份價格事件。2、公開發行股票之公司依公司法規定聲請選任臨時管理人、選派檢查人，及其解任事件。3、其他依法律規定或經司法院指定由商業法院管轄之商業非訟事件。由此所轄事件觀之，智慧財產及商業法院所轄之案件具有高度專業性，涉及專業領域之法律及技術知識。
（二）、技術審查官、專家證人、商業調查官
於智慧財產案件審理時，得指定技術審查官，技術審查官得就事實上及法律上之事項，對當事人為說明或發問，亦得對證人或鑑定人為直接發問，並得向法官陳述專業意見，或於證據保全或強制執行程序提供專業上之協助。於商業事件，得聲明專家證人，使依其知識、技能、經驗、訓練或教育，在財經、會計、公司治理、科學、技術或其他專業知識領域，協助法院理解或認定事實、證據及經驗法則。於商業事件，得由商業調查官就書狀及資料，分析及整理事證爭點及法律疑義，提供說明之專業領域參考資料或製作報告書，亦得就事實上及法律上之事項為必要之發問，並於勘驗、鑑定、證據保全或保全程序，提供法官協助。
（三）、法院之秘密保持命令及檢察署之偵查保密令
依智慧財產案件審理法及商業事件審理法之規定，當事人或第三人就其持有之營業秘密，經釋明符合下列情形者，法院得依該當事人或第三人之聲請，對他造當事人、代理人、輔佐人或其他訴訟關係人發秘密保持命令：1、當事人書狀之內容，記載當事人或第三人之營業秘密，或已調查或應調查之證據，涉及當事人或第三人之營業秘密。2、為避免因前款之營業秘密經開示，或供該訴訟進行以外之目的使用，有妨害該當事人或第三人基於該營業秘密之事業活動之虞，致有限制其開示或使用之必要。另依營業秘密法之規定，檢察官偵辦營業秘密案件，認有偵查必要時，得核發偵查保密令予接觸偵查內容之犯罪嫌疑人、被告、被害人、告訴人、告訴代理人、辯護人、鑑定人、證人或其他相關之人。此乃辦理智慧財產案件及商業事件較為特殊之制度，對於保護當事人之營業秘密，有實質之效能。
改制為智慧財產及商業法院後，法院之專業層級亦隨著提昇，新的法院組織亦伴隨著新的責任，高度的專業需求促使法院在人員培訓及軟硬體設施併同成長。期盼今後的智慧財產案件及商業事件，能在新的法院新的制度裡，得到高度專業、正確、正義之審判。
參考資料：
一、智慧財產法院成立10年以來受理各類案件審理績效指標及相關訴訟制度之審理實務操作狀況分析。
二、智慧財產及商業法院各類案件收結件數。
